Дом был построен в начале XX века врачом и видным политическим деятелем Александром Александровичем Грациановым. После революции его национализировали. В 1990-х годах в нем размещались дом ребёнка, гинекологическое отделение Роддома №1, офисы. Несколько лет усадьба была заброшена.

На участок земли с пустовавшим домом претендовала одна из строительных компаний. Планировалось построить на его месте жилую многоэтажку. Судьба усадьбы была уже решена. Но в дело вмешалась общественность. В борьбе с ней застройщик прибегнул к проверенной тактике — поджогу. Пожар произошел 29 ноября 2006 год.

Волею случая пожар не уничтожил дом полностью.
После этого губернатором В.М. Крессом было принято решение о проведении реставрационных работ в усадьбе за счет областных средств. Восстановленный дом планировалось использовать как губернаторский дом приемов.

Реставрацию усадьбы проводила компания ОАО «Томскреставрация» — дочерняя компания Томлесстроя. В 2009 году она была завершена.