Часовня построена томским купцом С.П. Петровым в 1854 году по чертежам Иверской Московской часовни, в память о солдатах Томского гренадерского полка, принявших участие в Крымской войне (1853-1856 гг.). С.П. Петров заказал для часовни Иверскую икону Божией Матери, ставшую со временем одной из главных святынь Томска.

Иверская часовня именовалась томичами «духовными вратами Томска». В разное время часовню посетили великие князья Владимир Александрович (1868 г.) и Алексей Александрович (1873 г.), цесаревич Николай Александрович — будущий император Николай II (1891 г.).

В 1933 году Иверская часовня была разрушена, а находившаяся в ней икона бесследно исчезла. По просьбам жителей Томска часовня была восстановлена в 2002 году и освящена Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II. По ходатайству епископа Томского и Асиновского Ростислава на Святой горе Афон (Греция), где хранится древняя чудотворная Иверская икона Божией Матери, афонский монах иеродиакон Евлогий сделал список с этой святыни. Новонаписанная икона была освящена, приложена к чудотворному образу и отправлена из Греции в Россию. 30 июня святая икона была с торжеством встречена в Томске и поставлена в восстановленной часовне.