Один из старейших монастырей в Сибири. Основан в 1605 году при устье реки Киргизки, в 9 верстах от Томского острога, и был назван в народе Усть-Киргизским или Богородицким. В первый же год только что отстроенные монастырские строения и церковь были разрушены льдами во время весеннего ледохода, после чего монастырь был перенесен на версту вверх по Большой Киргизке на возвышенное и защищенное от наводнений место. Пожар 1656 года уничтожил новоустроенный храм. Очередное строительство остановилось из-за отсутствия средств.
Старец Ефрем, бывший в то время строителем монастыря, принял решение о перенесении монастыря в город с совета воеводы и граждан Томска. В 1663 году постройку монастыря на новом месте завершил новый настоятель – схиигумен Исаия. Обитель располагалась рядом с церковью во имя Алексея Человека Божия, к тому времени более 30 лет стоявшей на Юрточной горе. После объединения обители с Алексеевской церковью, Усть-Киргизский Богородицкий монастырь стал именоваться Богородице-Алексеевским. Новый монастырь представлял собой крепость и стал частью оборонительных сооружений Томска.
К началу XVIII века обитель владела значительными земельными угодьями и рыбными промыслами. Монастырь не только обеспечивал рыбой всю братию, но и продавал ее в большом количестве. Доходы от продажи рыбы, особенно в сезон осеннего лова едва ли не равнялись доходам от продажи хлеба со всех монастырских наделов. Поэтому воеводским начальством Богородице-Алексиевский монастырь ценился как настоящий рыбопромышленник.
В 1830-х годах вокруг монастыря впервые была возведена каменная ограда с главными и экономическими воротами и угловыми башнями, что придало монастырю величественный вид. В юго-восточной башне находилась антиминсная часовня, в которой совершались поминальные службы. Другая старинная часовня располагалась на монастырском кладбище. Настоящей достопримечательностью монастыря стал необычный сад, устроенный стараниями епископа Афанасия (Соколова) в южной части обители. Со своим озером, горой, монашескими кельями и кладбищем он представлял символический образ Святой Палестинской земли. В 1882 — 1899 годах в монастыре размещалась духовная семинария. В 1898 году в монастырском флигеле была открыта школа грамоты, в которой, по сведениям 1900 года, обучалось 16 мальчиков.
Монастырь был закрыт летом 1923 года. Братия монастыря перешла на монастырскую заимку, т.н. «Архимандритскую». Здесь, на древнем месте расположения обители при устье р. Киргизки, находился загородный дом архимандритов и имелся деревянный Покровский храм. Вплоть до 1926 года здесь подвизалось 26 насельников монастыря, своим трудом добывая пропитание.
В 1980-х годах была предпринята попытка восстановить монастырский комплекс в качестве музея, ограничившаяся лишь частичной реставрацией храма обители. В 1991 году территорию обители посетил Святейший Патриарх Алексий II. В 1992 году епископ Новосибирский и Бердский Тихон (Емельянов) совершил торжественное открытие монастыря. До 1994 года хозяином храма оставался художественный музей. В этом же году состоялось полное возвращение храма верующим. В 1995 году обители был передан отреставрированный Казанский собор. В этом же году состоялось обретение мощей св. прав. Феодора. В 1996 году был возвращен бывший настоятельский корпус, где теперь размещаются монашеские кельи.
Существует легенда об императоре Александре I: будто он не умер в Таганроге в 1825 году, а отрёкся от престола и отправился странствовать по Руси в облике праведного старца. Обстоятельства появления этого человека в Томске таковы: некий крестьянин, назвавшийся Федором Кузьмичом, был сослан в Сибирь за бродяжничество. Однажды старец познакомился с купцом Семеном Хромовым и переехал по его совету в Томск, где поселился на загородной заимке Хромова (сейчас поселок Хромовка), а позже – в келье, построенной купцом специально для старца в своей усадьбе на улице Монастырской (ныне улица Крылова).
Жил Федор Кузьмич затворником, не принимая никакого участия в общественной жизни города, время проводил в основном в молитвах и постах. Однако постепенно к старцу стали стекаться паломники. Современники отмечали, что Федор Кузьмич был очень проницательным, мог рассказать о посетителе всё, едва его увидев, а то и вовсе творил чудеса.
Старец умер в 1864 году, удостоившись за свою праведную жизнь похорон на почетном месте – на территории Богородице-Алексиевского монастыря.
Наместник монастыря игумен Силуан (Вьюров)
Адрес: г. Томск, ул. Крылова, 12/1.