Знаменская церковь берёт своё начало от деревянного храма в честь чтимой в Сибири иконы Божией Матери «Знамение» (Абалакская), построенного на этом месте в 1703 году дворянином Иваном Качаловым, который происходил из города Углича.
В 1593 году угличане были сосланы в Сибирь по делу о смерти царевича Димитрия, а в XVII веке часть «Углича» была переведена из Пелыма (ныне Тюменская область) в Томск, где угличанами был основан исторический район «Заозерье». Они привезли с собой икону Божией Матери «Знамение», которая и дала название храму.
В 1789 году состоялась закладка каменной Знаменской церкви с приделом святой великомученицы Екатерины. Основными застройщиками храма были потомки первостроителя. Строительство шло медленно- 14 лет. Лишь в 1803 году 15 октября был освящён северный придел во имя святой великомученицы Екатерины — небесной покровительницы императрицы Екатерины II, подписавшей прошение о строительстве каменной Знаменской церкви, а 9 ноября 1810 года, был освящён главный престол – в честь Абалакской иконы Божией Матери «Знамение».
Через десять лет 9 октября 1820 года в церкви произошел пожар. После ремонта 28 января 1821 года придел был вновь освящен. Впоследствии Знаменская церковь стала трехпрестольной: центральный престол освящен в честь Знамения Пресвятой Богородицы, южный престол – во имя святых первоверховных Петра и Павла, северный – во имя Всех Святых.
При церкви существовала открытая в сентябре 1892 года церковно-приходская школа для девочек, построенная на средства томича Родюкова А.Д. После революции на здании выстроили 2-ой этаж и сделали его жилым.
После октябрьского переворота 1917 года, отступления армии Колчака из Томска и прихода к власти большевиков здание Знаменской церкви в 1920 году было национализировано, но богослужения в храме продолжались. А в 1935 году Знаменская церковь была закрыта.
После закрытия Знаменскую церковь отдали базе Сплавфлота. Церковное здание претерпело серьёзные изменения. Центральный купол, колокольня и Всехсвятский придел были разрушены.
В 1992 году развалины храма были возвращены Русской Православной Церкви, и силами общины Свято-Троицкой церкви под деятельным руководством настоятеля протоиерея Николая Яськова начались восстановительные работы. В 1994 году был заказан проект комплексной реставрации и воссоздания Знаменской церкви.
Первым был восстановлен и 20 апреля 1996 года освящен северный придел во имя святителя Николая Чудотворца. Освящение совершил ныне в Боге почивший Преосвященный Сергий, Епископ Новосибирский и Бердский. Южный придел в июле 2000 года был освящен Преосвященным Ростиславом, епископом Томским и Асиновским. В декабре 2005 года завершилось восстановление центрального Знаменского придела. Чин его освящения совершил также владыка Ростислав.
Три деревянных иконостаса были изготовлены из кедра мастерами Томского политехнического профессионального лицея №20. Роспись центрального и Никольского иконостасов выполнили московские иконописцы супруги Дмитрий и Галина Ларионовы, а роспись иконостаса Серафимовского придела принадлежит москвичке Татьяне Тякиной. В 2004 году на колокольне Знаменской церкви установили колокола. По старинному способу- в земле, их отливали мастера города Тутаева, Ярославской области. На них запечатлены имена владыки Ростислава, протоиерея Николая Яськова, а также имена прихожан, вложивших средства в восстановление церкви. Среди них — и имя диакона Знаменского храма Георгия Таразанова.
В настоящее время жители Томска стали свидетелями того, как буквально из руин вырос величественный храм, который обогатил силуэт города и своей архитектурной гармоней, своими святынями подарил большому городскому району возможность полноценного духовного окормления.
Настоятель Знаменского храма: Протоиерей Николай Яськов
Адрес: г. Томск, улица Войкова, 16
Сайт: Храм в честь иконы Божией Матери Знамение (Абалакская)