Первый деревянный храм был выстроен в 1622 году и стоял восточнее нынешнего каменного на территории Успенского мужского монастыря. В 1626 году монастырь был упразднен, церковь обращена в приходскую. Здание храма не один раз горело и к концу XVIII века окончательно обветшало. В 1789 году состоялась закладка фундамента нового двухэтажного каменного здания храма. Строилась церковь Иваном Карповым и Иваном Недомолвиным (по другим сведениям — Егором Домоневским и Петром Барановым), на средства прихожан. Нижний алтарь храма был освящен в честь Воскресения Христова 18 октября 1803 года. Верхний придел освящен 16 июня 1807 года в честь Успения Пресвятой Богородицы (в память об Успенском монастыре).
В июле 1892 года при церкви было открыто попечительство о бедных. С 29 октября 1896 года при храме функционировала церковно-приходская школа для мальчиков и девочек, здание для которой построили купцы Кухтерины. Содержалась школа на средства совета Томского женского епархиального училища и пожертвований купца Иннокентия Евграфовича Кухтерина. В 1894 — 1895 годах на средства томского купца Павла Борисовича Шумилова и церковного старосты Алексея Евграфовича Кухтерина был отремонтирован верхний этаж церкви. Храм был холодный и не отапливался. Теперь здесь были установлены печи для обогрева верхнего придела церкви, и службы можно было вести круглый год. В нижнем приделе церковные службы начинались только с Пасхальных праздников. Кроме того, были вновь переписаны иконы и перестроен иконостас. При этом к колокольне с западной стороны была пристроена закрытая лестница-притвор, ведущая на второй этаж здания. В 1897 году И.Е. Кухтериным на Ирбитской ярмарке специально для центрального купола Воскресенской церкви был куплен большой крест.
Западнее храма, на краю обрыва, осенью 1897 года по проекту архитектора Петра Федоровича Федоровского была сооружена невысокая колокольня на каменных опорах для тысячепудового колокола, отлитого в честь состоявшейся 14 мая 1896 года коронации царя Николая II и царицы Александры Федоровны. Томский «Царь-колокол» был изготовлен по инициативе томского купца Андрея Афанасьевича Васильева, ссудившего на выплавку колокола три тысячи рублей серебром, на знаменитом колокольном заводе Оловянишникова в Ярославле и доставлен в Томск во второй половине ноября 1896 года по железной дороге и санным путем. Колокол, украшенный горельефами евангелистов, весил 1005 пудов 35 фунтов, т.е. примерно 17 тонн (16 640 кг), стоил более 18 тысяч рублей и был третьим по величине в Сибири после иркутского и тобольского. 19 декабря 1897 года колокол был поднят на звонницу, а 21 декабря 1897 года над Томском раздался первый басовитый звон колокола-гиганта. В начале января 1930 года «царь-колокол» был сброшен с колокольни и расколот на части, а куски отвезены в Чугунно-литейный и слесарно-механический завод «Республика» на переплавку. В этом же году была разобрана и сама колокольня.
4 августа 1936 года Воскресенская церковь была закрыта, но с 25 августа по требованию прихожан открыта вновь. Окончательное закрытие церкви состоялось лишь 3 ноября 1936 года. В 1937 году была предпринята попытка разрушения церкви, но снесена была лишь церковная ограда. В конце 1930-х годов в помещении церкви находился Госстройтрест (курсы и общежитие рабочих), гараж для машин, затем зерносклад. В 1940-е годы в здании Воскресенской церкви разместился Центральный государственный архив РСФСР Дальнего Востока. Архив занимал оба этажа церкви вплоть до своего возвращения в 1995 году во Владивосток.
В 1980-1990-х годах произведена реставрация фасадов церкви и восстановлена её каменная ограда. Также были отремонтированы алтари, восстановлен каркас иконостаса храма, его купола и крыша, восстановлены позолоченные кресты. Работы по восстановлению первоначального облика храма в 1990-х годах осуществлялись научно-производственной фирмой «Реставрация», созданной братьями Владимиром и Анатолием Кирсановыми. 5 апреля 1996 года были освящены и установлены на звоннице церкви семь колоколов, отлитых в городе Воронеже на частные средства. Самый большой из них весит 150 кг. 16 августа 1996 года храм был открыт для верующих. Главный престол освящен в воспоминание обновления Иерусалимского храма Воскресения Христова.
Настоятель Воскресенской церкви Иерей Дионисий.
Адрес: г. Томск, ул. Октябрьский взвоз, 10.
