История Римско-католической церкви началась в декабре 1806 года, после утверждения пребывание римско-католического священника в Томске. Первым настоятелем Томского прихода Могилевской епархии был назначен с 1807 года супериор Иезуитского ордена о. Маркелл Каминский. Пока в Томске, как и в Сибири вообще, католиков было мало, и они находились в среде служилого сословия по преимуществу, они довольствовались для своих религиозных потребностей наемными помещениями. Известно, что в частном доме на Духовской улице (ныне ул. К.Маркса, 5) совершались католические молебны. С 30-х годов XIX века, когда после польских восстаний Томск наводнился ссыльными поляками, потребность иметь свою церковь становится острой. Католики выражают желание построить своими руками небольшой, но каменный храм. В этом желании они встретили поддержку своего настоятеля о. Ремигия Апонасевича (1825–1835). И в 1819 году Томской католической церкви был отведен участок земли в конце Воскресенской горы по Ефремовской улице (ныне Бакунина).
Строительство каменного храма в венецианском классическом стиле было завершено в 1833 году, и он был освящен 1 октября 1833 года настоятелем о. Ремигием Апонасевичем в честь Пресвятой Богородицы Покровской. Община постоянно росла, поэтому храм неоднократно достраивался, изменялось и его убранство. В 1843 году настланы новые деревянные полы, в 1863 пристроено каменное отделение для ризницы, в 1880 деревянные кресты заменены на железные с вызолоченными шариками, в 1883 сооружены десять дубовых скамеек и барьер из резного дуба, отделявший алтарь от церкви. В эти же годы были возведены все необходимые жилые и хозяйственные постройки. В 1856 году, по проекту Гавриила Батенькова, была построена звонница (кампанелла) из кирпича в виде ворот, с тремя колоколами над ними (третий колокол — в 2 пуда). В 1862 году был приобретен первый духовой орган, установленный каноником Энгельгардтом. Второй, более мощный, — в 1902.
Алтарным образом храма была точная копия картины Рафаэля «Преображение», оригинал которой хранится в музее Ватикана. Костелу была приписана готическая часовня св. Антония на католической стороне Вознесенского кладбища (ныне ул. Пушкина, 44). К 1900 году храм уже не удовлетворял потребностей многонациональной Томской католической общины, которая к тому времени насчитывала 4000 человек. В 1937 году томский костел был закрыт (последним из двух десятков католических храмов Томской области). Последний настоятель Юлиан Гронский был арестован и выслан из страны. Томские католики подверглись жестоким репрессиям, ссылкам в лагеря, и многие в эти годы кровью засвидетельствовали верность Христу и Его Церкви. Вся церковная утварь, три алтаря, восемь больших икон, церковная мебель, орган, архив бесследно исчезли. В течение последующего полувека храм попеременно эксплуатировался как клуб, овощехранилище, службы ДОСААФ, планетарий. Более 50 лет католики собирались на молитву в частных домах, рискуя стать жертвами доносов и подвергнуться новому насилию со стороны властей. И лишь немногие священники подпольно приезжали в эти годы в Томск, по мере возможности духовно окормляя местную паству.
В 1990 году, на Пасху, после 34 лет непрерывного ходатайства, храм был возвращен общине. После ремонта, совершенного силами прихода, в октябре 1991 года, в праздник Пресвятой Богородицы Покровской, Его Преосвященство епископ Иосиф Верт, Апостольский Администратор католиков азиатской части России, вновь освятил храм. В это же время в общине начали свою работу сестры ордена служительниц Христа в Евхаристии. Они готовят взрослых и детей к принятию церковных таинств, заботятся о внутреннем убранстве храма, занимаются подготовкой к богослужению. Сегодня община объединяет более 400 человек: русских, украинцев, белорусов, поляков, немцев, латышей, литовцев, армян, ассирийцев, а также более 30 небольших приходов, разбросанных по всей Томской области. Здесь свое служение совершают монахини миссионерки любви к ближнему Матери Терезы. В феврале 1997 в храм с паломнической миссией была доставлена чудотворная статуя Фатимской Божьей Матери. Редкие города мира становятся свидетелями такого события.
Настоятель прихода Покрова Пресвятой Богородицы – отец Андрей.
Адрес: г. Томск, ул. Бакунина, 4.