Богоявленская церковь – одна из древнейших в городе Томске. На месте, где стоит церковь, в начале XVIII века располагалось кладбище, которое занимало значительное пространство между подножьем Воскресенской горы, речкой Ушайкой и берегом реки Томи. Богоявленский собор берет свое начало от небольшой Богоявленской церкви, построенной в 1633 году и стоявшей метров на семьдесят юго-восточнее нынешнего каменного собора. Первая церковь называлась Христокрещенской, была деревянной двухпрестольной: один в честь Крещения Господня, второй во имя преподобного Михаила Малеина. Деревянный храм неоднократно страдал от пожаров, но каждый раз снова восстанавливался.
Наконец, 31 декабря 1776 года, было решено возвести на месте обветшалой деревянной церкви каменную. Заложен новый каменный двухэтажный храм был в 1777 году, метров на 50-70 к западу от прежней деревянной церкви (ближе к реке Томь). А на том месте, где у старого деревянного храма находился алтарь и святой престол, по церковному обычаю был устроен небольшой кирпичный памятник (в 1858 году этот памятник убрали и на его месте соорудили Иверскую часовню).
Церковь строилась только на средства прихожан и жертвователей, постоянного источника денег на строительство не имелось, поэтому и само строительство шло не равномерно. Строительство храма пошло быстрее и успешнее, когда старостой стал томский купец П.В. Михайлов. В окончательном виде новая каменная церковь была двухэтажная, четырехпрестольная, с приделами и колокольней. В 1862 году построен дом для священника – двухэтажный, полукаменный. При доме был амбар, деревянная завозня, отдельная кухня и баня. В 1867 году выстроен угловой дом в два этажа, деревянный с надворными службами. При храме имелось церковно-приходское попечительство и церковно-приходская школа. Церковно-приходская школа открыта в 1898 году, учащихся в школе на 1912 год было 87 человек. В церковной библиотеке насчитывалось до 400 книг. На попечении храма находилась Губернская мужская гимназия.
Наиболее сильные изменения, как в здании храма, так и в приходской жизни произошли в послереволюционный период. В апреле 1920 года храм был национализирован. В годы Великой Отечественной Войны (в 1942 г.) все помещения церкви были переоборудованы под цеха эвакуированного в Томск московского завода “Красный Богатырь”. В 1994 году Богоявленская церковь была передана Русской Православной Церкви (в лице Томского благочиния) в бессрочное безвозмездное пользование. Реставрационные и восстановительные работы на комплексе Богоявленского собора начались в 1995 году. 6 февраля 1997 года Актом экспертной комиссии церковь была взята на государственный учет как вновь выявленный памятник истории и культуры. Постепенно здание храма стало узнаваемым, над восстановленными куполом храма и колокольней заблистали золотом кресты. В рамках предстоящего 400-летнего юбилея Томска (в 2004 году) Областной администрацией были направлены необходимые денежные средства на восстановление храма, и работа пошла интенсивнее. 26 января 2003 года состоялось его великое освящение. В настоящее время собор является Кафедральным.
Святыней Богоявленского собора является частица мощей святого Beликомученика и целителя Пантелеимона, жившего в 3-м веке. Ему Господь даровал особую благодать – исцелять человеческие болезни и немощи. Каждую среду после вечернего богослужения эта святыня в особом ковчеге выносится из алтаря на середину храма и перед ней совершается Акафист святому угоднику Божию, по окончании которого каждый человек может приложится к святым мощам и вознести перед ними молитву о себе и своих близких.
В алтаре собора висит Распятие, к которому прикреплена звездица, хранящая частицу того Креста, на котором был распят Господь Иисус Христос. На Крестопоклонной неделе (третье воскресенье Великого Поста) и в праздник Воздвижения Креста Господня (14/27 сентября) Распятие выносится на середину храма для общего поклонения.
Настоятель Богоявленского собора – архиепископ Томский и Асиновский Ростислав.
Адрес: пл. Ленина, 7.