Храм был заложен в 1856 году. Строился по проекту архитектора А.П. Бехтера. Средства на постройку храма пожертвовал томский золотопромышленник З.М. Цыбульский.
В 1877 году церковь в имя святого благоверного князя Александра Невского — небесного покровителя императора Александра II — была освящена. В 1880 году храм был перестроен в русско-византийском стиле художником-архитектором В.В. Хабаровым. Являлся одновременно приходским и тюремным храмом, и был связан каменным переходом по уровню 2-го этажа с томским следственным замком (томскими арестантскими ротами). В 1920 году церковь была закрыта, купола были наполовину разрушены, а кресты сбиты. Здание передано под научное и производственное помещение. Внутреннее помещение было разделено перекрытиями на два этажа.
Вначале 1990-х годов храм и часть помещений арестантских рот были переданы Русской Православной Церкви. В 1994 году в бывшее здание арестантских рот переехала Томская духовная семинария. Храм на несколько лет стал семинарским. При храме расположено регентское отделение Томской духовной семинарии, действует самая большая в Томске воскресная школа для детей (с трехгодичным обучением) и взрослых, а также богословские курсы для мирян.
Сегодня Храм святого благоверного князя Александра Невского является важным духовно-просветительским центром Томска. Ежедневно здесь совершаются богослужения, организованы воскресные школы для детей и взрослых, кружки для молодежи и взрослых по изучению Закона Божия. На базе воскресной школы регулярно проводятся тематические лектории, «круглые столы» и катехизаторские беседы.
Храм святого благоверного князя Александра Невского окормляет Регентское отделение Томской Духовной семинарии, которое насчитывает 20 воспитанниц. «Визитная карточка» Регентского отделения – высокий уровень преподавания вокала, музыки и дирижирования. Выпускницы отделения востребованы во многих городах Сибири и Европейской части России.
При Храме действует Православное Братство святого благоверного князя Александра Невского. Целью создания Братства является распространение православного вероучения, воспитание, образование детей и молодежи в духе религиозно-нравственных православных традиций, благотворительная деятельность (создание благотворительных организаций, проведение благотворительных акций, оказание помощи нуждающимся гражданам), осуществление реставрационно-восстановительных работ по благоустройству Храма.

Настоятель храма Иерей Сергий Никаноров
Адрес: г. Томск, ул. Герцена, 3